Las actividades agropecuaria y acuícola son importantes en la región del Golfo de California, no sólo por su aportación económica, sino también por su impacto ambiental. El efecto principal es sobre el uso y abuso del recurso agua, y los daños en la salud todavía no cuantificados. Las grandes cosechas y la producción de granjas camaroneras generan ingresos, pero también costos por la contaminación de la superficie y del mar por el uso de fertilizantes, plaguicidas y otros desechos. Además, implican cambios en el uso del suelo de gran magnitud. En estos ámbitos, los asombrosos avances de la tecnología dan origen a muchas incógnitas sobre el desarrollo. Tal vez más importante que la tecnología es la participación social en las decisiones sobre ella. Apenas inicia la convergencia de corrientes de pensamiento sobre los modos de aprovechar los aciertos de las recientes generaciones hacia un trato más amigable con el entorno. Pero aún están polarizados los puntos de vista de las partes involucradas en estos sectores.
En la región del Golfo de California, los estados de Sonora, Sinaloa y Nayarit sobresalen en las actividades agropecuarias y de la agroindustria de alimentos. La contribución de estas actividades al producto interno bruto (PIB) de la región es de entre 8 a 9%, muy significativo si se compara al 2.3% que genera el sector pesca al PIB de Sonora o al 4% que contribuye el sector pesca al PIB de Sinaloa. Su aportación al empleo representa más del 17% en el caso del sector agropecuario, y más del 5% en las actividades agroindustriales. A nivel nacional, Sonora y Baja California ocupan un destacado lugar en la producción de trigo, soya, algodón y vid, mientras que Sinaloa se encuentra entre los primeros sitios en la horticultura.
Por otro lado, la agricultura consume 80% del agua dulce disponible en la región, con una eficiencia del 40%. La Comisión Nacional de Agua identifica al 41% de los acuíferos de la región del Golfo como en estado de sobreexplotación. Esta situación ha empobrecido los recursos que sustentan a las actividades agropecuarias, y ha provocado la destrucción de la biodiversidad, incluyendo especies cuyo verdadero valor aún no se conoce. En la región , las tres principales fuentes contaminantes del agua dulce, tanto subterránea como superficial son: la intrusión salina, por extracción de agua para uso agrícola; las descargas de residuos de la agricultura y los municipios; y los desechos sólidos que van desde botes de agroquímicos hasta desechos de la vitivinicultura, la porcicultura, las fábricas y la navegación. El sector agrícola genera más de 60% de las aguas residuales, que además de cargas orgánicas llevan restos de fertilizantes y plaguicidas. Muchos no se degradan, sino llegan al mar en concentraciones muy altas y detonan procesos de eutrofización, afectando a la flora y fauna. La salinización en los estados de Baja California, Baja California Sur y Sonora, producto de la sobreexplotación de los mantos freáticos, llega a tal grado que inhabilita áreas antes productivas.
Mientras, la acuacultura está en franca expansión. Involucra a todos los estados de la región del Golfo de California. L a acuicultura de camarón del Pacifico, creció en un lapso menor de 10 años en más del 500%, y representa 26% de la producción total nacional. El auge corresponde a un fenómeno mundial, en que 50% de la producción del camarón ya es de cultivo. En 2004, el 81% de la actividad en la región del Golfo consistía en el cultivo de camarón, con 390 unidades en el área terrestre, y la camaronicultura era la responsable del 97.6% del PIB de acuicultura en la región. El 13.5% de la actividad consistía en peces de agua dulce, también en la zona terrestre. Mientras, en la región marina el 3.5% correspondía al cultivo de moluscos y el 0.2% a la de peces marinos. Hay más de una docena de granjas marinas en las afueras de la Península de Baja California. En las costas de Sonora hay mas de 15 mil hectáreas (40 mil acres) de granjas camaroneras.
Los promotores de la agricultura orgánica y de la llamada "agricultura nueva" sugieren técnicas alternativas ambientales. Sin embargo, la primera funciona a una escala tan pequeña y la última a una escala tan gigantesca que ambas motivan dudas sobre su capacidad para involucrar a la gente en salvaguardar las aguas dulces y saladas de la región.Desafortunadamente, la acuacultura y la construcción de granjas camaronícolas son las causas principales de la desaparición de manglares, y responsables del 52% de la destrucción de estos ecosistemas a nivel mundial, según Greenpeace. Más del 75 por ciento de las aguas residuales autorizadas por la Comisión Nacional de Agua en Sonora son de la industria de la acuacultura, la fuente más grande de descargas en el estado. Todas van al Golfo de California. Entre los contaminantes se encuentran fertilizantes, amonio, materia orgánica, antibióticos y desinfectantes. Reducen el oxígeno en el agua y tienen un impacto indefinido sobre la salud de los ecosistemas marinos y la salud de los consumidores de los productos del mar que concentran el detritus, según el Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo.
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